Los antecedentes de la educación en el Ecuador, se remontan a la época de formación de la República. Cuando se constituye el Ecuador en 1830, la entidad estatal encargada de la organización del sistema educativo era la Dirección General de Estudios, institución de origen bolivariano que se adaptó a las necesidades del nuevo Estado Nación.
El gobierno del presidente Vicente Rocafuerte (1835 - 1839) fue el primero en el cual se dictaron las primeras políticas educativas propiamente republicanas. En 1836 a través de dos decretos de crucial importancia, Rocafuerte crea la Dirección General de Instrucción y Iinspección de Estudios para cada provincia y el Derecho reglamentario de Instrucción Publica. Excluyendo los estudiantes universitarios que no pasaban los ochenta, en esos momentos el país contaba con 8 colegios (1 femenino) y 290 escuelas (30 femeninas), que en conjunto abarcaban una población estudiantil de poco mas de 13.000 estudiantes.
En 1863 la Legislatura, que durante el siglo XIX tenia la atribución de crear establecimientos educativos, logra transferir la organización de la instrucción publica a manos de un Consejo General con extensiones provinciales, integrado por un "ministro" del ramo y representantes de la iglesia, de la Universidad y de las Academias científicas y literarias. De otro lado, las municipalidades adquieren atribuciones en el manejo y supervigilancia de la escuelas sostenidas con sus fondos. Este cáracter descentralizado del sistema educativo se pierde bruscamente por iniciativa del presidente Gabriel García Moreno (1861 - 1865/1869 - 1875). Entre sus disposiciones no solo se obliga que los directores de los establecimientos profesen la religión católica oficial, si no que con la Ley de 1871 se ordena la abolición e los Consejos en las provincias, la no intervención de los municipios en materia educativa y la transferencia al Ejecutivo de todas las facultades directivas en educación, al tiempo que se establece la gratuidad de la enseñanza y el derecho a una escuela por cada población que posea 500 niños. para entonces el número de escolares era alrededor de 32.000 y el Estado invertía el 11% de su presupuesto en instrucción pública.
En 1884, bajo el régimen progresista del presidente José María Plácido Caamaño (1883 - 1888) se crea el Ministerio de Instrucción Pública, pero el verdadero impulso para su ampliación y fortalecimiento es consecuencia de la revolución liberal en 1895, encabezada por Eloy Alfaro y del proceso de consolidación del Estado laico en las décadas subsiguientes.
Siendo la educación una cuestión prioritaria del gobierno liberal, en 1906 se declara la oficialidad de la enseñanza laica y la exclusividad de la subvención estatal en su beneficio. En ese marco, el ministro alfarista José Peralta emprende la reforma educativa mas exitosa de la historia nación, a través de la creación de los Institutos Pedagógicos o Normales, cuyo sostenimiento absorbería en adelante una gran parte del presupuesto para la instrucción pública.
En 1913 Dillon contrata la Misión Pedagógica alemana que no solo diseña y asesora la aplicación de un nuevo plan de estudios para la formación docente, sino que formula el Reglamento de Régimen Escolar y elabora un mapeo de las demandas en infraestructura escolar. Una segunda misión alemana contratada por el Ministerio consolida la formación de los maestros en la línea de enfoque herbartiano, que se generalizará como una matriz de la cultura pedagógica establecida por la educación laica a nivel nacional. En 1928, cuando practicamente ha culminado la labor de las Misiones, la Constitución reafirma el carácter laico, gratuito y obligado de la enseñanza, el Ecuador cuenta con 1.771 escuelas, de las cuales 1.470 son estatales, y con un conjunto de 2.400 profesores que incluye 320 normalistas.
El laicismo deja de ser el espíritu de las políticas educativas con la Constitución de 1946 que, bajo la influencia del presidente José María Velasco Ibarra, favorece de manera importante a la educación privada, otorgándole una subvención estatal del 20% del presupuesto en educación.
En la década de 1960 el Ministerio de Educación inicia un proceso de modernización institucional con la creación del departamento del Planteamineto Integral de la Educación. entre los años sesenta y ochenta, el Ministerio se amplía y consolida su rectoría con la creación de las 21 Direcciones Nacionales que tiene en la actualidad. Su estructura y sus funciones están sujetas hasta el presente a lo que dispone la última Ley Orgánica de Educación expedida en 1983.